在处理公司的计件工资不公平对待和违章指挥可申请被迫离职的问题时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果：
1. 计件单价调整经过民主程序并公示。如果公司能够证明计件单价的调整是通过与职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且已向劳动者公示，那么这种情况下的计件工资调整可能被认定为合法，劳动者以计件工资不公平对待为由申请被迫离职可能不被支持。
2. 违章指挥未实际危及人身安全。如果公司的违章指挥只是一般的操作不当，并未达到危及劳动者人身安全的程度，例如只是轻微违反操作规程但不会造成 injury 风险，那么劳动者以此为由立即解除劳动合同可能不符合法律规定，需要先与公司沟通或通过其他途径解决。
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公司的计件工资不公平对待和违章指挥可申请被迫离职的法律依据，主要来自《中华人民共和国劳动合同法》。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定：“用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；（二）未及时足额支付劳动报酬的；（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。”
对于公司的计件工资不公平对待，如果是用人单位单方面降低计件单价，导致劳动者劳动报酬减少，这属于“未及时足额支付劳动报酬”的情形，符合上述条款第二项。对于违章指挥，如果该指挥危及劳动者人身安全，则直接适用该条第二款，劳动者可立即解除合同。因此，在这两种情况下，公司的计件工资不公平对待和违章指挥均可成为劳动者申请被迫离职的法定理由。
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公司的计件工资不公平对待和违章指挥可能带来一些法律风险，以下为你举例说明：
1. 劳动者主张被迫离职但证据不足的风险。如果劳动者仅口头声称公司存在计件工资不公平对待和违章指挥，但无法提供劳动合同、工资条、调整通知或沟通记录等证据，仲裁委或法院可能不支持其被迫离职的请求，劳动者将无法获得经济补偿。
2. 公司反称劳动者旷工的风险。若劳动者因公司的计件工资不公平对待和违章指挥而擅自离岗，且未向公司书面说明理由并保留证据，公司可能会以劳动者旷工为由解除劳动合同，此时劳动者不仅无法通过被迫离职获得补偿，还可能因旷工面临不利后果。
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公司的计件工资不公平对待和违章指挥是否可申请被迫离职，需要结合具体情况判断。以下是不同情形的详细分析：
公司的计件工资不公平对待和违章指挥在特定条件下可构成被迫离职的理由。
1. 若存在用人单位单方面降低计件单价，且未与劳动者协商一致的情况：这可能构成《劳动合同法》第三十八条第二项规定的“未及时足额支付劳动报酬”，劳动者可以此为由提出被迫离职，并要求经济补偿。
2. 若存在用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的情况：根据《劳动合同法》第三十八条第二款规定，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位，并有权要求经济补偿。

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